神机军师朱武任中军军师，掌管青州两山兵马机密，同时也负责选练两山兵马军阵、各营人马调度等事务；
花和尚鲁智深担任第一步兵营正将，一千人编制，由没面目焦挺任副将，号曰疯魔营；
屠龙手孙安担任第二步兵营正将，一千五百人编制，由千钧棍山士奇任副将，号曰武锐营；
金枪手徐宁担任第三步兵营正将，一千人编制，由打虎将李忠、小霸王周通任副将，号曰金枪营；
铁狮子唐斌担任第四步兵营正将，一千五百人编制，由摩云金翅欧鹏、铁笛仙马麟任偏将，号曰刚毅营；
豹子头林冲担任第一马军营正将，一千五百人编制，由火眼狻猊邓飞任副将，号为天雄营；
青面兽杨志担任第二马军营正将，一千五百人编制，由血刀子竺敬任副将，号为天波营；
霹雳火秦明担任第三马军营正将，一千人编制，由镇三山黄信任副将，号曰奔雷营；
九纹龙史进担任第四马军营正将，一千五百人编制，由副将跳涧虎陈达、白花蛇杨春任副将，号为盘龙营；
而圣水将单廷珪、神火将魏定国各辖原本所部的五百玄甲军与五百火兵，独领两营人马，号曰圣水营、神火二营，另外有五百人编制，号曰陌刀营的步卒由丧门神鲍旭统领，做为独立部曲视征战之时战况所需，辅助各马步营主将作战。
另外母夜叉孙二娘、菜园子张青调任为寨中打探声息头领，新投至寨中的险道神郁保四，任专捧帅字旗的掌旗头领。至于其它新投至山寨中余下的民壮乡勇，由寨中监管打造军械铁器作坊的头领金钱豹子汤隆、掌管发石炮具的头领轰天雷凌振、排设筵宴及畜养牛马猪羊牲口的操刀鬼曹正、监筑城垣及修缉房舍的补天手李志从中挑选适合人手，打理山寨诸般事宜。
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